Факультет является флагманом высшего образования в области Науки Земле в Башкортостане, его история имеет тесную связь со становлением и развитием вузовской системы в республике.

История факультета берет свое начало с 1909 года. Тогда он выступал в роли цикла в существовавшем до 1919 года Уфимском учительском институте. Одним из преподавателей был А.К. Носков — первый учёный-биогеограф в РБ, автор многих научных работ по ботанике и географии.

В 1919 году Уфимский учительский институт был преобразован в Уфимский институт народного образования. В нем продолжилось обучение на географическом и биолого-географическом циклах.

Первый выпуск Уфимского ИНО (1922 г.): сидят ( первый слева)- будущий председатель Президиума БашФАН СССР Г.В. Вахрушев, третий  слева – председатель Совета правления ИНО В.П. Краснов, стоит (четвертый слева) – проректор ИНО по учебной работе Г.Г. Штехер.

В 1929 году Уфимский ИНО был реорганизован в Башкирский пединститут им. К.А. Тимирязева, состоящий из четырех отделений: физико-технического, естествознания, литературно-лингвистического и общественно-экономического.

В 1930 г. вместо бывших циклов и отделов организовались кафедры. В институте открылось 14 кафедр, в том числе кафедра географии.  В сентябре 1932 года было открыто самостоятельное экономико-географическое отделение, в январе 1934 года — географическое отделение. В августе 1934-го Башкирский пединститут перешел на факультетский принцип структурной организации, географическое отделение стало географическим факультетом. Его первым деканом был Х.Х. Зайни.

В 30-е годы научные изыскания профессоров и преподавателей института не ограничивались написанием учебников и методических пособий. Географы института во главе с профессором Ш.С. Абзановым работали над изучением вопросов экономгеографии СССР и Башкирской АССР.

В 1934 г. вышел первый сборник научных трудов преподавателей под редакцией Ш.С Абзанова. Автором более 100 научных трудов по геоботанике Южного Урала был А.К. Носков.

Башкирский пединститут с 1929 до 1941 гг. подготовил 2279 специалистов. 23 выпускника остались в вузе. Среди них были географы: М. Д. Маслов (1932 г.), З.З. Валеев (1936 г.), А.А. Цветаев (1939 г.).

Великая Отечественная война внесла свои коррективы в жизнь географического факультета. Многие преподаватели, сотрудники и студенты БГПИ в первые же дни войны ушли на фронт. Вместе с тем кадровый состав института пополнили некоторые эвакуированные в Уфу ученые из вузов и научных учреждений страны. И научная деятельность на факультете в целом не останавливалось.

В первые послевоенные годы в Башкирском пединституте функционировало 6 факультетов, до 1947 года 22 кафедры. Заведовали в этот период опытные преподаватели: Д.Г. Ожиганов – физгеографии, М.Д Маслов – экономгеографии. В 1948 г. деканом географического факультета был назначен А.А. Цветаев.

В 50-х гг. значительно увеличилось численность научно-педагогических работников, защитивших докторские и кандидатские диссертации. В 1953 г. диссертацию на соискание ученой степени доктора геолого-минералогических наук защитил Д.Г. Ожиганов, доцент кафедры физгерграфии института. В 1954 г. ему было присвоено звание профессора.

В 50-х гг. также защитился М.Д. Маслов. Этот период значим активизацией деятельности в области научных исследований. Здесь прежде всего следует выделить кафедру физгеографии, которую возглавлял доктор наук Д.Г. Ожиганов. Большую научную значимость имели его труды по геологической структуре центра Южного Урала, по истории развития тектонических структур центральных зон Южного Урала.

Члены кафедры были объединены во главе со своим заведующим вокруг темы «Геологическое строение и геоморфология центральной зоны и западного склона Башкирского Урала». Группа преподавателей кафедры экономической географии работала над методической темой «Политехническое обучение на уроках экономгеографии в средней школе» (М.Д. Маслов, Г. Заплатина, 3.3. Валеев).

В 1953 году в Совет Министров Башкирской АССР поступило письмо из Географического общества СССР с просьбой помочь в создании Башкирского отдела общества. Инициатива была поддержана географической научной общественностью, а правительство республики своим постановлением создало инициативную группу из 11 человек — ученых, специалистов в области естественных наук, преподавателей вузов и школ. Среди них были ветераны-географы, уже состоявшие ранее в географическом обществе: А.К. Носков и А.А. Цветаев, а также Д.Г. Ожиганов, М.К. Бандман, И.П. Кадильников, М.Д. Маслов, К.С. Никифорук, Х.Я. Тахаев и другие. Они провели большую работу в институтах и школах по привлечению желающих стать членами ГОСССР. В 1954 году только в Уфе было собрано 95 заявлений на вступление в общество. 30 ноября 1954 года Президиум Географического общества Союза ССР утвердил решение о создании Башкирского филиала Общества.

С начала 1957 года по 1967 факультет возглавлял З.З. Валиев.

2 августа 1958 года в БашГУ функционировали 5 факультетов, в том числе и географический с двумя кафедрами: экономической и физической географии. Прием был рассчитан на 25 студентов.

Географический факультет бывшего педагогического института получил статус факультета географии и химии, первым деканом которого стал кандидат географических наук, доцент 3.3. Валеев. Первый прием на дневное отделение факультета составлял всего 25 человек.

В 1963 году географический факультет приобрел самостоятельный статус.

С 1976 по 1981 годы факультетом руководил М.Х. Валеев. С 1982 по 1983 — М.Ф. Хисматов. В дальнейшем деканом был назначен Е.С. Родионов, проработавший в этой должности в 1983-1988 гг. Деканом факультета в 1988-1998 гг. был П.Н. Швецов.

С 1988 по 1992 гг. факультет назывался географо-экономическим. В университете были открыты две новые специальности: «Экономическое и социальное планирование» и «Экономика и социология труда». В 1992 году экономические специальности были выделены в самостоятельный экономический факультет.

С 1998 по 2007 годы деканом был Р.Г. Сафиуллин. В 2007 году было сформировано две кафедры: физической географии и гидрологии. С 2008 по 2012 гг. декан факультета – И.М. Япаров. В настоящее время деканом факультета является А.Ф. Нигматуллин.