Подготовка психологов в Башкирском государственном университете началась в 1998 году на базе Межфакультетского центра психологии (МФЦ), директором которого стал доктор психологических наук Гесиод Аминев. Первый выпуск дипломированных психологов в БашГУ состоялся в 2002 году.

Факультет психологии БашГУ создан на базе МФЦ в августе 2005 года. Изначально на факультете было три кафедры: общей психологии; клинической психологии; психологической диагностики и консультирования. В 2014 году в состав факультета психологии введена кафедра педагогики.

В 2015 году в структуру факультета психологии внесены изменения. Путем объединения кафедры клинической психологии и кафедры психологической диагностики и консультирования создана кафедра психологического сопровождения и клинической психологии.

Позднее в функции кафедры педагогики вошла подготовка бакалавров по направлению «Специальное (дефектологическое) образование». Факультет психологии сейчас выпускает профессиональных психологов, дефектологов в области дошкольного образования, логопедов, олигофренопедагогов.

Открытие в БашГУ факультета психологии позволило создать Центр социально-психологической помощи, направленный на оказание психологической поддержки студентам, преподавателям и сотрудникам университета (руководитель Центра – Сафронова Елена Васильевна).