Научная работа на факультете организована в соответствии с  направлениями исследований кафедр.

• Кафедра геологии, гидрометеорологии и геоэкологии ведет активную научную работу в области  изучения природных ресурсов, геологии полезных ископаемых, геоэкологии.  Геологи занимаются изучением тектоники и структурной геологии, геотермальной энергетикой, принимают непосредственное участие в методической работе и внедрении новых технологий в области геологических исследований. Также работа кафедры связана с исследованиями гидрологических процессов в пределах РБ и бассейнов рек Камы и Белой, климатических условий РБ и их современного изменения,  изучением проблем рационального использования и охраны водных ресурсов, созданием и развитием геопарков. На базе кафедры функционирует лаборатория водохозяйственных исследований и геоэкологии.
• Направление научных изысканий ученых кафедры туризма, геоурбанистики и экономической географии – это исследования территориальной организации населения и хозяйства России и Республики Башкортостан и проблемы   использования туристско-рекреационных комплексов. Доценты кафедры  И.В. Закиров, Г.А. Саттарова участвовали в разработке Стратегий социально-экономического развития муниципальных районов Республики Башкортостан до 2030 года.
• Научная деятельность кафедры геодезии, картографии и географических информационных систем связана с геоинформационным картографированием, почвенно-экологическими исследованиями, изучением и картографированием современной ландшафтной структуры Республики Башкортостан, выявлением рекреационного потенциала ландшафтов.  Сотрудники кафедры приняли активное участие в составлении и издании «Атласа Республики Башкортостан» и «Историко-культурного энциклопедического атласа Республики Башкортостан».

Факультет наук о Земле и туризма сотрудничает с Министерством экономического развития Республики Башкортостан, ГАНУ «Институт стратегических исследований Республики Башкортостан», Институтом географии РАН, Институтом истории естествознания и техники РАН, Институтом биологии УФИЦ РАН, ГАУН «Башкирская энциклопедия», географическими факультетами ряда центральных и региональных вузов, государственными органами и предприятиями РБ.

Ежегодно проводятся научно-практические конференции. Студенты факультета также активно занимаются научной деятельностью и неоднократно становились призерами всероссийских конференций.