БашГУ — ведущий вуз Республики Башкортостан по научно-инновационной деятельности. Научные исследования в университете выполняются по четырем областям наук: естественным, техническим, общественным и гуманитарным.

Приоритетные направления научно-исследовательской деятельности вуза: нанофизика и наноматериалы; биотехнологии; химическое материаловедение; интеллектуальные производственные технологии; информационно-телекоммуникационные технологии; энергетика и энергосбережение; актуальные проблемы политического, социального, экономического и культурного развития России и Башкортостана.

В Башкирском государственном университете действуют:

  • 14 научно-образовательных центров;
  • 21 общепризнанных научных школ;
  • 16 малых инновационных предприятий;
  • 10 диссертационных советов;
  • 9 научных журналов (два из них реферируются в международной базе данных Web of Science).

Основная цель инновационной экосистемы БашГУ — развитие и генерирование технологий и инноваций. Эффективному функционированию экосистемы способствует развитая научно-инновационная инфраструктура вуза и культура предпринимательства. В вузе работают научные центры и лаборатории мирового уровня, инновационный центр «Технопарк», Центр коллективного пользования научным оборудованием. Общее количество научного оборудования — 11 тыс. единиц на сумму более 800 млн рублей.